JISコードが公の機関が定めた規格であるのに対して、シフトJISコードはMicrosoft社などが定めた民間での決まりごとなんです。でも、実際はシフトJISコードの方が事実上の標準になってたりしますよね。
実際にこのページだってシフトJISコードだし．．．
民間の規格なので、ISOなどの公的な規格には対応してません（あたりまえか...）
最近のOSはunicodeをサポーしてますが、組版作業などDTP環境で使うパソコンは、いまだにシフトJISコードですよねっ！！